Молодая девушка-киллер родом из Тайваня, известная под кодовым именем «Стеклянное сердце», совершает самоубийство, прыгнув с крыши, в результате чего её сердце пронзает металлическим забором. Однако жизнь девушки спасают, путём трансплантации сердца. Во время пребывания в коме, после операции, она видит странные сны, которые в дальнейшем приводят её в Японию, в поисках донора своего сердца — Каори Макимуры, бывшего партнера Городского охотника Рё Саэбы.

В первом томе танкобона автором упоминается, что «Сердце ангела» берет только образы персонажей «Городского охотника», но не является продолжением истории. События происходят в параллельной вселенной, не имеющей ничего общего с оригинальной историей «Городского охотника».