К югу от Японии расположен покрытый буйной зеленью остров Южного Креста. Однажды ночью на его берег выносит юношу по имени Такуто Цунаси. Приплыв из Японии в одиночку и без каких-либо вещей, он поступает в Старшую Школу Южного Креста. Будучи личностью яркой и позитивной, Такуто быстро сходится с одноклассниками, включая Вако Агэмаки и Сугату Синдо.

Между тем, школа хранит в себе секрет — в её подземельях спрятаны два десятка спящих гигантов, загадочных меха-устройств, так называемых «Кибоди». Обычные люди способны управлять ими, но только в параллельном измерении под названием Нулевое Время.

И вскоре Такуто оказывается втянут в противостояние с «Мерцающим Звёздным Крестом» — таинственной организацией, пытающейся завладеть Кибоди и разрушить печати четырёх священных дев, препятствующих использованию Кибоди вне Нулевого Времени...